La urbe hizo frente varios siglos al problema del desagüe que sería contenido con el sistema de drenaje profundo
El 13 de junio de 1622 la Ciudad de México vivió una inundación, que empeoró por la imprudencia del virrey Diego Carrillo de Mendoza y Pimentel: ante la crecida del agua, para cerciorarse si era o no indispensable un desagüe, ordenó cerrar las compuertas del incipiente sistema de drenaje, iniciado por Enrico Martínez: se dejaron correr sobre el lago de Texcoco las aguas del río Cuautitlán y de los lagos de Zumpango y San Cristóbal. Esto derivó en que las agua con el paso de los meses invadieran la ciudad. Otra inundación se registraría al año siguiente y en 1626, 1627 y 1629, esta última la más grave.
Las obras de drenaje iniciadas por el gobierno español, que consideraba al lago de Texcoco inútil y peligroso, llevaron a casi su desaparición junto con otros cuatro al norte y sur. Después de la Independencia hubo otras inundaciones, la última en 1910. Los trabajos concluyeron en el siglo pasado con el Gran Canal de Desagüe que comenzó el gobierno de Porfirio Díaz, y el Drenaje Profundo.
Pero ya desde la época prehispánica había inundaciones. El islote de Tenochtitlan se encontraba en uno de los cinco lagos que constituían la zona lacustre de lo que hoy es el valle de México. La cuenca se alimentaba de los ríos procedentes de las sierras, pequeños manantiales y las lluvias, sin embargo cuando éstas eran intensas se presentaban inundaciones, por lo que los ingenieros mexicas construyeron tecnificados albarradones o diques.
Tras la conquista Cortés decidió fundar la capital de la Nueva España sobre la ciudad mexica, no obstante el riesgo de las inundaciones debido a que todas las corrientes se dirigían al valle. En 1555 sucedió la primera gran inundación de la época colonial, por lo que las autoridades optaron por reconstruir el albarradón prehispánico, que sin embargo no fue suficiente, y se proyectó crear un desagüe artificial. Hasta 1607 comenzarían las obras: construir un canal en Huehuetoca para drenar el lago de Zumpango e interceptar el río Cuautitlán para redirigir sus aguas hacia el río Tula, a fin de reducir la alimentación del enorme lago que rodeaba a la Ciudad de México.
El encargado fue el cosmógrafo de origen europeo Enrico Martínez y en ese lapso se suscitaron varias inundaciones, la más grave en 1629; Martínez decidió obstruir la entrada del canal del desagüe ante el temor de que no resistiera la avenida de las aguas del río Cuautitlán, pero resultó en un desatre porque éstas llegaron a la Ciudad de México, con daños que perduraron una década después. En 1637 se continuaron los trabajos y en el siglo siguiente se pensó en hacer un desagüe general.
Después de consumada la Independencia las inundaciones siguieron siendo un problerma recurrente. Sería Porfirio Díaz quien impulsaría, con la participación de empresas extranjeras, los trabajos del Gran Canal, el cual aunque fue inaugurado en 1900 no dio por terminadas las inundaciones. En 1967, entonces, empezarían los trabajos de un sistema de drenaje profundo, que concluyeron en 1975. La ingeniería mexicana, con el cúmulo de experiencias, por fin solucionaría el ancestral problema, aunque todavía se presenten en tiempos de lluvias grandes encharcamientos debidos a otras causas, como falta de mantenimiento o basura.